СОВРЕМЕННОЕ СОСТОЯНИЕ КЛАССИФИКАЦИИ НЕКОТОРЫХ ПАТОГЕННЫХ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ РОДОВ BACILLUS, BRUCELLA, BURKHOLDERIA
Keywords:
Ключевые слова: Классификация, патогенные представители, Bacillus, Brucella, Burkholderia, Геномный анализ, филогенетика, Сравнительная геномика, факторы вирулентности.Abstract
Аннотация: В этой статье представлен обзор современного состояния классификации и патогенных представителей родов Bacillus, Brucella и Burkholderia. Посредством всестороннего анализа литературы мы изучаем достижения в области геномных и филогенетических методов, которые способствовали нашему пониманию этих бактерий. В разделе "Методы" подробно описываются использованные геномные анализы, а в разделе "Результаты" представлены ключевые выводы в области классификации и факторов вирулентности. В разделе обсуждения рассматриваются последствия этих выводов, за которыми следуют выводы и предложения для будущих исследований.
References
Koeppel A, Perry E.B., Sikorski J. et al. Identifying the fun- damental units of bacterial diversity: a paradigm shift to incorporate ecology into bacterial systematics. Proc. Natl. Acad. Sci USA. 2008; 105(7):2504–9.
Konstantinidis K.T., Ramette A., Tiedje J.M. The bacterial species definition in the genomic era. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 2006; 361(1475):1929–40.
Ottem K.F., Nylund A., Karlsbakk E. et al. New species in the genus Francisella (Gammaproteobacteria; Francisellaceae); Francisella piscicida sp. nov. isolated from cod (Gadus morhua). Arch Microbiol. 2007; 188(5):547–50.
Sprague L.D., Neubauer H. Yersinia aleksiciae sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005; 55:831–5.
Stackebrandt E., Frederiksen W., Garrity G.M. et al. Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002; 52:1043–7.
Stackebrandt E. Defining Taxonomic Ranks. In: Dworkin M., Falkow S. The Prokaryotes: A Handbook on the Biology of Bacteria. 3rd ed. Springer, 2006. P. 29–57.
Stackebrandt E., Ebers J. Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards. Microbiol. Today. 2006; 33:152–5.
Stine O.C., Sozhamannan S., Gou Q. et al. Phylogeny of Vibrio cholerae based on recA sequence. Infect. Immun. 2000; 68(12):7180–5.
Thompson F.L., Iida T., Swings J. Biodiversity of vibrios. Microbiol Mol Biol Rev. 2004; 68(3):403–31.
